У роки Другої світової війни, перебуваючи в евакуації у складі медичного інституту в Чкалові (Оренбург), Д. О. Альперн виконав значні дослідження з питань раневого процесу, проблем шоку і трофічних виразок, що мають не тільки теоретичне, а й практичне значення для хірургії та терапії воєнного стану, які актуальні і сьогодні.
Основні наукові праці професора присвячені патофізіології нервової системи, нейрогуморальної регуляції, питанням патохімії запалення і патогенезу алергічних реакцій. Вченим було встановлено трофічний вплив нервової системи на проникність судин і тканин, роль медіаторів у порушенні рефлекторної діяльності нервової системи, в патогенезі запалення і трофічних виразок (1928 рік).
Д. О. Альперн вивчав роль хімічних чинників і нервового збудження в патогенезі ряду захворювань, встановив десенсибілізуючу і протизапальну дію екстрактів гіпофіза (1935 рік), а також роль аденіннуклеотидів в патогенезі запалення (1951 рік). Їм запропоновано медичний препарат мезофізін.
Великий цикл досліджень Д. О. Альперн присвятил саме проблемі запалення. «Серед старих і нових проблем патології, проблема запалення завжди залишається актуальною», – писав Данило Овсійович.
Данило Овсійович не тільки великий вчений, а й талановитий педагог, блискучий лектор. Його лекції для студентів і виступи на наукових форумах залишали незабутнє враження.
Д. О. Альперн зробив величезний внесок у становлення патофізіології як навчальної дисциплини. Проводив систематичну роботу з удосконалення програми курсу патофізіології, ним вперше створені методичні інструкції до практикуму для студентів. Велика робота проводилася з оснащення кафедри апаратурою.
Д. О. Альперн був активним учасником всесоюзних і республіканських з’їздів та конференцій, міжнародних конгресів і симпозіумів.
На XV Міжнародному конгресі фізіологів вчений представив нові клінічні і експериментальні дані про вегетативні асиметрії з боку вегетативної нервової системи на підставі багаторічних робіт з регулювання обміну речовин.
Наукова і педагогічна діяльність Д. О. Альперна поєднувалась з великою суспільною роботою. Данило Овсійович був членом Вченої Ради Міністерства охорони здоров’я СРСР, правління Всесоюзного та головуючим Харківського відділення Наукового товариства патофізіологів, почесним членом Міжнародного антиревматичного товариства та членом редакційних рад у різних медичних журналах.
Професор був глибоко відданим науці, їй він присвятив усе своє життя.